В настоящее время СибФНКЦ представляет собой многопрофильное специализированное учреждение, обслуживающее более 120 тысяч прикрепленного населения. Имеет 2 лицензии на 242 вида работ (услуг) на 106 исполнительных адресах в двух субъектах Российской Федерации – Томской области (ЗАТО Северск и г. Томск)  и Республике Алтай. С 2008 г. включено в перечень федеральных учреждений здравоохранения, имеющих право оказывать высокотехнологичную медицинскую помощь. СибФНКЦ оказывает 18 видов высокотехнологичной медицинской помощи по 8 профилям: абдоминальная хирургия, эндокринология, акушерство и гинекология, нейрохирургия, онкология, офтальмология, травматология и ортопедия. Высокотехнологичную медицинскую помощь получают более 1200 пациентов в год.