История создания ортопедического отделения началась с 2007 года, когда на базе ЦМСЧ №81 был организован Межрегиональный ортопедический центр. В результате реорганизации 1 апреля 2014 года отделение ортопедии выделено в самостоятельную функциональную единицу Медицинского центра №2. В состав отделения введены койки отделения детской ортопедии, с целью оптимизации работы, в 2016 году в состав отделения введен дополнительный пост нейрохирургии, врачи нейрохирурги введены в штат отделения. На сегодняшний день отделение развернуто на 33 койки. Руководит отделением врач травматолог - ортопед кандидат медицинских наук Максим Александрович Фёдоров.
В отделении проводится большой спектр специализированных оперативных вмешательств. С 2013 года начато выполнение инновационных высокотехнологичных, малоинвазивных оперативных вмешательств по устранению плоскостопия у детей и взрослых с помощью установки в стопы специальных подтаранных имплантов. Данная операция позволила многим детям и взрослым с плоскостопием избавиться от этого недуга раз и навсегда.
География выполнения оперативных вмешательств отделением ортопедии распространяется не только на все регионы Российской Федерации, в рамках выполнения государственного задания, но также на страны ближнего и дальнего (республика Сербия) зарубежья, пациенты из которых проходили лечения в стенах ортопедического отделения.
В 2013 году начато выполнение научно-исследовательской работы на тему «Хирургическое лечение плоско-вальгусной деформации у детей с использованием имплантов из пористого никелида-титана», получен патент на изобретение. В 2018 году на базе ОмГМУ г. Омска заведующим отделения ортопедии успешно защищена кандидатская диссертация. В настоящее время продолжается научно-исследовательская работа с целью разработки и внедрения в повседневную хирургическую практику операций по установке биодеградируемых имплантов, которые позволят отказаться от необходимости повторных операций по удалению имплантов.
Врачи нейрохирурги Е.П. Ерендеев и К.В. Чубенко занимаются лечением больных нейрохирургического профиля. Основной задачей является оказание помощи пациентам с дегенеративными поражениями позвоночника. Сейчас в арсенале нейрохирургов появились такие передовые технологии как чрескожная гидрорезекция межпозвонкового диска, различные стабилизирующие системы, как ригидные так и динамические. Для лечения хронического болевого синдрома применяется электростимуляция спинного мозга.
В перспективе работы отделения планируется ввести в практику метод лечения артрозов крупных суставов на ранней стадии, с использованием клеточных технологий на основе стволовых клеток, получаемых из собственной жировой ткани пациента. Также в планах освоить артроскопические оперативные вмешательства на плечевом, голеностопном и других суставах конечностей.